Pokud by někdo v budoucnosti chtěl vypracovat studii ne téma nevhodných způsobů tzv. vyrovnávání s minulostí, a ještě by přitom chtěl provést antropologicko-sociologickou analýzu nejrůznějších komplexů české společnosti, nabídne mu k tomu mnoho příležitostí dosavadní historie Ústavu pro studium totalitních režimů. Zde jsou důvody.
1. Nejlepším způsobem, jak zmařit jakékoliv objektivní studium politicky problematických období historie je takové studium postátnit. Tím, že byl Ústav pro studium totalitních režimů vytvořen jako de facto státní instituce, na kterou dohlíží rada jmenovaná Senátem, stala se ze studia nejrůznějších archívů bývalého režimu činnost, kterou lze bohužel snadno zpochybnit jako formu propagandy. Lidi, kteří pracují pro takový ústav, je nutné brát v první řadě jako státní zaměstnance, a až v druhé jako historiky.
2. Pátrání v archívech bývalého režimu od začátku přitahovalo zvláštní sortu „badatelů“. Někteří jsou samozřejmě idealisticky přesvědčeni, že odhalováním bývalých spolupracovníků a agentů režimu, dělají službu režimu novému a přispívají k morální očistě společnosti. Jiní jen rádi slídí v soukromí jiných lidí, často i proto, že jim to dává jistý druh moci. A další jsou prostě jakobíni, kteří sice nejspíš věří, že pracují v zájmu Dobra, ale mentálně jsou podobní kádrovákům bývalého režimu. I proto byl Ústav pro studium totalitních režimů od počátku zdrojem nesvárů a vnitřních bojů. Pro jakobíny byli ti ostatní příliš umírnění, pro umírněné bylo těžké vydržet vedle jakobínů. Navíc lze argumentovat, že už podstata práce Ústavu—tedy zpracovávání nechutných informací—je jako nakažlivá nemoc, která infikuje ty, kdo se takové práci věnují. Pracovat v takovém kolektivu vyžaduje silný žaludek.
3. Ústav za dobu své činnosti zveřejnil celou řadu informací, přesto by se jen těžko hledal přesvědčivý argument, že Ústav svou aktivitou přispěl k „vyrovnání s minulostí“. Naopak: minulost se z útrob archívu valí v dosti neuspořádané a neanalyzované podobě, občas se dokonce nelze neptat, zda se některé informace nedostaly „ven“ na politickou nebo mediální objednávku. Celou řadu archivních informací a zveřejnil Ústav necitlivě—bez ohledu na to, že tím možná porušuje právo na ochranu soukromí, včetně lidí, kteří se ničím neprovinili.
4. Ústav zveřejňuje a zpracovává informace především o aktivních kolaborantech bývalého režimu, čímž chtě nechtě vzniká fikce ne nepodobná lustračnímu procesu: kostru bývalého režimu údajně tvořili především lidé definovaní zákonem, tedy lidé, jejichž jména jsou v archívech. Většinový zbytek společnosti si poněkud alibisticky může umýt ruce. Bohužel v této diskusi chybí reflexe masové účasti těch ostatních ve straně a dalších organizacích režimu, stejně jako masové účasti v rituálech režimu.
5. Neustálé diskuse o tom, zda Ústav zrušit nebo personálně obměnit se staly mediálním tématem, které zcela zastiňuje i pozitivní věci, které snad Ústav udělal, jako třeba některé zajímavé konference. Důvodem je skutečnost, že instituci tohoto typu nelze zřizovat silou, jak se to stalo, ale musí nejprve existovat nějaká širší společenská objednávka. Úplně scestné pak je, když samotný název Ústavu se stane předmětem politické bitvy, protože pojem „totalitní“ si různí lidé interpretují různým způsobem, což je nakonec „vyřešeno“ tak, že definici toho, co se rozumí obdobím totality přijme zákonem parlament. To, že nebylo možné dát Ústavu méně kontroverzní název, vytvořilo kolem této instituce zbytečnou kontroverzi, ještě než vůbec oficiálně vznikla.
6. Téměř každé nové „odhalení“ Ústavu vyvolává celou řadu reakcí, které především vyjevují nejrůznější národní mindráky, jakož i neschopnost většiny společnosti se k národní historii postavit skutečně čelem. Studium komunistické historie se stalo nástrojem politického souboje mezi levicí a pravicí, takže mezi politiky nikdo nemá zájem na skutečně objektivním pohledu, ale především na pohledu, který nahrává politikově straně.
7. Ať už je to záměr nebo jen neumětelství pracovníků Ústavu, nejviditelnější metodou jeho dosavadní práce není poctivé vědecké bádání, doprovázené uvážlivými výstupy, opřenými oponenturu, ale skandalizace. To, že v Ústavu mohou „brigádničit“ lidé bez skutečné kvalifikace pro vědeckou práci s archívy, navíc lidé, kteří pracují na „rodinných“ projektech, vede k absurdnostem typu kauza Milana Kundery, v níž byl hlavním „badatelem“ mladík příbuzensky spojený s osobou, která proti Kunderovi vznáší obvinění.
8. Zdá se, že Češi, zejména politici, se své historie bojí. Proto ji nelze odevzdat do rukou skutečně nezávislé, vědecké instituce. Jenže dokud bude citlivé části historie zkoumat instituce v podstatě státní, jen těžko začne nějaká autentická diskuse.